第一，项目合作开发投资是基于项目合作开发协议而进行的，合作各方为某一特定项目订立协议，约定合作方式、合作条件，共享利润、共担风险。在合作开发协议签订后，合作各方依照该协议进行投资，以组建法人型的项目公司或非法人的联营体的合作方式进行项目的建设。而公司股权注资是投资者向公司投入资本获得股权的行为。股权注资有两种方式，一种是投资者直接与公司进行交易，向公司投入资本获得公司股权，其结果是使公司的注册资本增加；另一种是投资者与公司的股东个人进行交易，从公司原有股东处受让股份，其结果并不增加公司的注册资本，只是股东组成和股权分配发生了变化。因而，公司股权注资的依据是股东出资协议或股权转让协议。

 

    第二，项目合作开发投资的资本直接受方为投资各方为特定项目而组建的法人或非法人的联营体，该资金的所有权并不一定发生转移，主要用于合作协议约定的特定项目的建设；而在股权注资的情况下，投入资本直接进入公司，并形成公司的法人财产，其所有权由公司享有，用于公司的各种经营活动，并没有约定特定的用途。

 

    第三，项目合作开发投资关系的主体均为投资方，由合作各方依据合作开发协议进行投资，资本可以是土地使用权、货币、或者劳务，各投资方构成合作开发投资关系；而股权注资的主体除了投资方外，还有公司或其股东。在公司增资的情况下，股权注资发生在投资者和公司之间；在股权转让的情况下，股权注资发生在投资者与转让股权的股东之间。

 

    第四，在合作开发项目的建设过程中，合作方完全可以根据实际情况随时增加投资；但在股权注资情况下，如果股东想为公司的经营增加投资，只能以增加注册资本的方式，而该增资行为要符合法定的程序。

 

    第五，正因为项目的特定性，因项目合作开发投资而设立的项目联营体没有长期存续性，项目合作开发结束后，无论是项目公司还是合作协议都可能被解除。但因股权注资行为而成立的股权关系具有长期存续性，会随着公司的长期稳定存在而存续。

 

    第六，项目合作开发投资的资本收回相对容易，合作各方可以在合作目的无法实现的情况下，依照合作协议收回各自投入的资本；而在股权注资后，收回资本的行为则要慎之又慎，由于投入公司的资本转化成公司所有的财产，股东不可以擅自抽逃已注入公司的资本。若在公司验资注册后，原缴纳出资的股东未经合法程序（如合法减资等）的情况下，私自撤走原依法投入公司的注册资本，则构成抽逃注册资本。